Jurusan/PS AGB dipimpin oleh seorang Ketua yang dibantu oleh seorang sekretaris. Ketua dan sekretaris Jurusan/PS AGB diangkat oleh Rektor melalui usulan Dekan, dan bertanggung jawab langsung kepada Dekan yang syarat-syarat pemilihannya tercantum pada SK Rektor No. 140/KP/2003 tentang syarat dan tata cara pencalonan/pemilihan ketua dan sekretaris jurusan dilingkungan Universitas Mulawarman. Dalam pengelolaan sarana dan prasarana, Ketua Jurusan/PS dibantu oleh Kepala Laboratorium. Kepala Laboratorium diangkat oleh Rektor atas usulan Dekan setelah mendengar masukan dari Ketua Jursan/PS. Masa jabatan Ketua, Sekretaris, dan Ketua Laboratorium adalah 4 tahun.
